Mit dem Hessischen Hochschulgesetz im Jahr 2000 haben sich die Strukturen der Selbstverwaltung der hessischen Hochschulen deutlich geändert. Neben dem Präsidium, das die Hochschule leitet, sind das Erweiterte Präsidium und der Senat die wesentlichen zentralen gewählten Selbstverwaltungsorgane. Hier werden grundlegende Entwicklungen in und für die Hochschule Darmstadt initiiert und diskutiert und hier wird auch über sie entschieden. Dazu kommt der Hochschulrat, der mit externen Mitgliedern besetzt ist.

Für verschiedenste Belange und Aspekte der Hochschularbeit gibt es Beauftragte und Vertrauenspersonen. Zudem sind die Studierenden auf Fachbereichs- und Hochschulebene institutionell vertreten (AStA und fachschaften), wie auch die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter (Personalvertretung). Vielfach organisieren sich die Hochschulangehörigen im Hinblick auf die Wahlen zu den Gremien in hochschulpolitischen Gruppen.

Die Fachbereiche werden von den Dekanaten geleitet. Wichtigstes Gremium mit Professorinnen und Professoren, Studierenden sowie Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern ist der Fachbereichsrat.